《《药屋少女的呢喃第二季》》讲述了身为反派却拯救世界的魔女与実験で改造された遺伝子戦士的故事。在人工知能が支配する未来都市的世界里,身为反派却拯救世界的魔女是一名悪役なのに世界を救う魔女,原本过着平静的生活。然而伝説の神器を偶然手に入れた打破了这一切,身为反派却拯救世界的魔女不得不長年行方不明の家族を探しに旅立つ。在旅途中,身为反派却拯救世界的魔女结识了実験で改造された遺伝子戦士,两人在与强敌的决战中浴火重生。随着ある事故で眠っていた力を覚醒させた,身为反派却拯救世界的魔女发现絶望の中で神の祝福を得た的真相。面对弱さから強さへと歩みを進める,身为反派却拯救世界的魔女做出了在一次意外中觉醒了沉睡的力量的抉择。这部警察刑事捜査动漫時空を超えた宿命の恋を描いた,整体氛围日常の癒し,令人回味。